Kelompok teroris Jaringan Haqqani mulai muncul dalam laporan badan-badan intelijen yang beroperasi di Afghanistan dan Pakistan dari 2004-2005. Nama jaringan tersebut dikaitkan dengan nama komandan lapangan Jalaluddin Haqqani, yang berperang melawan pasukan Soviet.
Selama masa tinggal pasukan Soviet di Afghanistan, Jalaluddin Haqqani adalah seorang komandan lapangan yang terkenal, ia didukung oleh Badan Intelijen Pusat AS, memberikan bantuan keuangan.
Setelah penarikan pasukan Soviet, perang saudara di Afghanistan berlanjut. Haqqani telah terlibat dalam beberapa operasi besar, otoritasnya telah tumbuh secara signifikan. Pada tahun 1992, ia mengambil bagian dalam negosiasi damai antara pihak-pihak yang bertikai, kemudian menjadi Menteri Kehakiman Afghanistan dan memegang jabatan ini selama empat tahun.
Setelah penangkapan Kabul oleh Taliban pada tahun 1996, Haqqani membelot ke pihak mereka dan diangkat menjadi Menteri Urusan Perbatasan. Dalam praktiknya, ini mengarah pada fakta bahwa ia sepenuhnya menguasai provinsi Paktia, yang menampung kamp-kamp pelatihan al-Qaeda yang kemudian dihancurkan oleh Amerika. Setelah dimulainya operasi AS melawan Taliban, Haqqani mulai memimpin angkatan bersenjata mereka, tetapi tidak dapat melawan para penyerbu. Taliban dikalahkan, Haqqani mulai mengobarkan perang gerilya dan segera disebut oleh Amerika sebagai salah satu dari enam teroris Taliban yang paling dicari.
Tindakan Haqqani terhadap pasukan pemerintah dan tentara AS sangat sukses, sejak pertengahan 2000-an, laporan dari Afghanistan mulai menyebutkan "Jaringan Haqqani", yang menunjukkan peningkatan pengaruh panglima perang ini. Sejak 2006, bersama Haqqani, putranya Sirajuddin (Siraj) telah bertanggung jawab atas jaringan tersebut. Sejak 2007, Siraj-lah yang memimpin kelompok itu sehubungan dengan kesehatan ayahnya yang memburuk. Berafiliasi erat dengan Taliban, kelompok teroris Haqqani tetap beroperasi secara independen dan tidak pernah tunduk kepada siapa pun.
Segera, kepemimpinan "Jaringan Haqqani" sudah termasuk beberapa anggota keluarga pendirinya dan sejumlah komandan lapangan, kelompok itu menguasai beberapa provinsi Afghanistan. Sejak 2008, kelompok itu mulai menggunakan pembom bunuh diri untuk melakukan serangan teroris, otoritas AS mulai melihatnya sebagai ancaman terbesar bagi pasukan Amerika di Afghanistan. Menurut badan intelijen, jumlah anggota jaringan pada 2010 berkisar antara 4 hingga 15 ribu orang. Sulit untuk memperkirakan secara lebih akurat jumlah militan karena sifat kelompok yang tertutup.
Sejak 2008, putra pendiri kelompok, Siraj Haqqani, telah dimasukkan oleh Amerika Serikat dalam daftar teroris; sejak 2009, hadiah sebesar $ 5 juta telah diumumkan untuk informasi tentang dia. Pada tahun-tahun berikutnya, Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani dan Badruddin Haqqani ditambahkan ke dalam daftar teroris.
Untuk waktu yang lama, otoritas AS tidak berani secara resmi memasukkan "Jaringan Haqqani" ke dalam jumlah kelompok teroris, karena mereka masih berharap untuk mencapai kesepakatan dengan para pemimpin gerakan yang begitu berpengaruh. Badan intelijen negara itu bahkan mengadakan pertemuan dengan perwakilan jaringan, tetapi mereka gagal mencapai kesepakatan apa pun.
Situasi akhirnya membaik pada September 2011, ketika teroris dari Jaringan Haqqani menyerang markas besar pasukan NATO dan kedutaan AS di Kabul. 16 orang menjadi korban serangan tersebut. Menjadi jelas bahwa tidak mungkin mencapai kesepakatan dengan para teroris, dan pada September 2012 diumumkan bahwa Amerika Serikat telah menambahkan Jaringan Haqqani ke dalam daftar kelompok teroris.
